La ciudad tomó su nombre de los manantiales de agua caliente de la zona. Un estudio histórico del INEGI documenta que, tras la fundación formal de la villa en 1575, circularon distintas formas de llamarla. En 1611 aparece la extensa denominación «Villa de Nuestra Señora de la Asunción de las Aguascalientes». Con el tiempo terminó por imponerse el nombre breve que usamos hoy. Así, las aguas termales quedaron grabadas en el nombre de toda una ciudad.